Читать книгу - "Парадоксы эволюции. Как наличие ресурсов и отсутствие внешних угроз приводит к самоуничтожению вида и что мы можем с этим сделать - Алексей Аркадьевич Макарушин"

Cook C. N. L., Gonçalves-Carneiro D., Buckner M. M. C., Blair J. M. A., et al. (2019). Bacterial flagellin promotes viral entry via an NF-kB and toll like receptor 5 dependent pathway. Sci. Rep. 9: 7903.

26. Ginsburg A. S., Klugman K. P. (2020). COVID-19 pneumonia and the appropriate use of antibiotics. The Lancet, Vol. 8, Issue 12, E1453–1454.

27. Sieswerda E.et al. (2020). Recommendations for antibacterial therapy in adults with COVID-19 – an evidence based guideline. Clinical Microbiology and Infection, in press, journal pre-proof.

28. Beovic B. et al., (2020). Antibiotic use in patients with COVID-19: a ‘snapshot’ Infectious Diseases International Research Initiative (ID-IRI) survey. J Antimicrob Chemother, 75: 3386–3390.

29. Harris V. C., Haak B. W., Handley S. A., Jiang B., Velasquez D. E., Hykes B. L., Droit L., Berbers G. A. M., Kemper E. M., van Leeuwen E. M. M., van Hensbroek M. B., Wiersinga W. J. (2018). Effect of antibiotic-mediated microbiome modulation on rotavirus vaccine immunogenicity: a human, randomized-control proof-of-concept trial. Cell Host Microbe 24, 197–207.

30. Uchiyama R., Chassaing B., Zhang B., Gewirtz A. T. (2014). Antibiotic treatment suppresses rotavirus infection and enhances specific humoral immunity. J. Infect. Dis. 210, 171–182.

31. Kraemer S. A., Ramachandran A., Perron G. G. (2019). Antibiotic Pollution in the Environment: From Microbial Ecology to Public Policy. Microorganisms, 7, 18.

32. Frost I., Craig J., Joshi J., Faure K., Laxminarayan R. (2019). Access Barriers to Antibiotics. Washington, DC: Center for Disease Dynamics, Economics & Policy.

33. Higgins J. P. T, Soares-Weiser K., López-López J., Kakourou A., Chaplin K., Christensen H., Martin N. K., Sterne J. A. C., Reingold A. L. (2016). Association of BCG, DTP, and measles containing vaccines with childhood mortality: systematic review. BMJ; 355: i5170.

34. Hensel J., McAndrews K. M., McGrail D. J., Dowlatshahi D. P., LeBleu V. S., Kalluri R. (2020). Protection against SARS-CoV-2 by BCG vaccination is not supported by epidemiological analyses. Sci Rep 10, 18377.

35. Lönnroth K., Jaramillo E., Williams B. G., Dye C., Raviglione M. (2010). Drivers of tuberculosis epidemics: The role of risk factors and social determinants. In WHO publication Equity, Social Determinants and Public Health Programmes, 219–242.

36. Huang J.-P., Kraichak E., Leavitt S. D., Nelsen M. P., Lumbsch H. T. (2019). Accelerated diversifications in three diverse families of morphologically complex lichen-forming fungi link to major historical events. Scientific Reports, 9 (1).

37. Agnolin F., Powell J., Novas F. E., Kundrat M. (2012). New alvarezsaurid (Dinosauria, Theropoda) from uppermost Cretaceous of north-western Patagonia with associated eggs. Cretaceous Research 35: 33–56.

38. Greinacher A., Thiele T., Warkentin T. E., Weisser K., Kyrle P. A., Eichinger S. (2021). Thrombotic thrombocytopenia after ChAdOx1 nCov-19 vaccination. N Engl J Med.

39. Polack F. P. (2007). Atypical measles and enhanced respiratory syncytial virus disease (ERD) made simple. Pediatr. Res.62, 111–115.

40. Katzelnick L. C., Gresh L., Halloran M. E., Mercado J. C., Kuah G., Gorgon A., Balmaseda A., Harris E. (2017). Antibody-dependent enhancement of severe dengue disease in humans. Science 17, Vol. 358, Issue 6365, pp. 929–932.

41. Katzelnick L. C., Narvaez C., Arguello S., Mercado B. L., Collado D., Ampie O., Elizondo D., Miranda T., Carillo F. B., Mercado J. C., Latta K., Schiller A., Segovia-Chumbez B., Ojeda S., Sanchez N., Plazaola M., Coloma J., Halloran M. E., Premkumar L., Gordon A., Narvaez F., de Silva A. M., Kuan G., Balmaseda A., Harris E. (2020). Zika virus infection enhances future risk of severe dengue disease. Science 28, Vol. 369, Issue 6507, pp. 1123–1128.

42. Graham B. S. (2016). Vaccines against respiratory syncytial virus: the time has finally come. Vaccine 34, 3535–3541.

43. Lee W. S., Wheatley A. K., Kent S. J., DeKosky B. J. (2020) Antibody-dependent enhancement and SARS-CoV-2 vaccines and therapies. Nat Microbiol 5, 1185–1191.

Глава X. Quorum Sense для Cosa Nostra

На любом языке я умею говорить со всеми, но этим инструментом я стараюсь не пользоваться.

Виктор Черномырдин, российский политик и дипломат

Кооперативное чувство общего

Как успешное существование с макроорганизмом в качестве симбионтов (вхождение в расширенную индивидуальность хозяина при сохранении собственной и групповой), так и успешная атака на него в качестве патогенов требуют от микробов высокой степени согласованности и организованности. Как указывалось в рамках изложения гипотезы безмасштабной когнитивности Майкла Левина (УПС: глава V), сотрудничество эгоистичных агентов минимизирует их индивидуальный стресс от неожиданностей окружающей среды и нивелирует их внутреннюю конкуренцию за информацию. Каждый агент расширяет свои вычислительные границы через коммуникации с соседями и неизбежно (а часто и незаметно) становится частью большой кооперативной индивидуальности. Соответственно, организованное взаимодействие требуется и от микроорганизмов-сапрофитов при независимом от какого-либо определенного хозяина выживании в окружающей среде. Но эти достаточно очевидные в целом суждения получили свое фактическое подтверждение только в последние 25 лет.

Первым примером кооперативного поведения микроорганизмов стал феномен свечения морских вибрионов Фишера (Aliivibrio fischeri), открытый еще в 80-е годы ХХ века: вибрионы начинают светиться, только достигнув определенной плотности популяции (Engebrecht J., Nealson K. and Silverman M., 1983). У A. fischeri такая концентрация обычно достигается в фотофорах мантийной полости кальмара Euprymnascolopes, с которыми вибрионы сожительствуют как симбионты. Свечение обеспечивает сложную систему коммуникаций кальмаров как с друг другом, так и соседствующими животными, отпугивая хищников, привлекая жертв. Вибрионы в фотофорах или в любом другом месте каким-то образом «чувствуют», что их стало достаточно много, чтобы практически одномоментно включить биохимический аппарат люминесценции. К 1994 году стало понятно, что это «чувство» есть у многих других бактерий, и оно способно запускать самые разнообразные формы их кооперативного поведения, и этому «чувству» дано было имя – «чувство кворума» (quorum sense, QS, Bassler B. L., Wright M. and Silverman M.,1994).

Принцип действия бактериального quorum sense в частных подробностях весьма сложен, но в целом однотипен. Бактерии вырабатывают вещества – автоиндукторы (autoinducers, AIs). У A. fischeri в качестве AI выступает ацил-гомосерин-лактон (AHL). Производные лактона – наиболее распространенные автоиндукторы грамотрицательных бактерий. У грамположительных бактерий автоиндукторы, как правило, представлены короткими пептидами. Все автоиндукторы обладают высокой проницаемостью через клеточные мембраны бактерий, поэтому их вне- и внутриклеточные концентрации быстро выравниваются. Как правило, один вид/штамм бактерий вырабатывает несколько видов автоиндукторов (обычно 2–4). Автоиндукторы относительно видоспецифичны, но не абсолютно; существуют сигнальные молекулы, воспринимаемые несколькими видами бактерий, иногда весьма различными. Предполагается, что